グレおやぢの日常

1.日本海産魚類目録分類図 データの可視化(視覚化)の第三弾として、 鳥類目録 、 哺乳類目録 に続き 魚類目録の可視化 を行って見ます。 データの作成手順 や可視化の手法は、鳥類目録とほぼ同じですが、入手できる元となるデータが鳥類目録の場合は Excel の表形式で提供されてい ましたが、魚類目録の場合は探して見ましたが加工しやすい形式のものは見つかりませんでした。使えそうなものとして PDF 形式の 「日本海産魚類目録(予報)」というものがありました。 今回は、この PDF 形式の目録リストを利用することにしました。 2.データ作成手順 まずは、魚類目録の可視化をするために「日本海産魚類目録(予報)」をダウンロードします。 1. 下記のサイトより、日本海産魚類目録(予報)(5-94.pdf)をダウンロード     (出典: 資料提供元(敬称略) :著者 : 河野光久 ・土井啓行 ・堀 成夫)     データダウンロード先： http://jsnfri.fra.affrc.go.jp/pref/yamaguchi/kenpo/9/pdf/65-94.pdf ※2.以降の手順は、筆者が行った参考手順ですので読み飛ばしてもOKです。 2.ダウンロードした PDF ファイルを開き、P7～P30(PDF のページ番号)を参照します。 3.P7～P30(PDF のページ番号)までを選択してコピーします。     (※PDF からテキストを抽出するがあれば、それを利用するのも良いでしょう) 4.コピーしたデータをそのままメモ帳などのテキストエディタに貼り付けます。 5.英語名部分などは今回使用しないので、データを目視しながら可能な限り不要部分を     削除します。また、文字化けした部分も多々あるので注意深く削除します。 6.重複データや他に文字化けがないかチェックして、Excel に取り込む形式にするため、     目名、科名、種名を TAB でインデントします。 7.TAB でインデントできたら、一旦、fish.txt としてセーブします。 8.新規に Excel を開き、データ→テキストファイルで fish.txt をインポートします。データ形式は、     すべて文字列としておいて下さい。 9.インポートできたら

1.日本哺乳類目録分類図 データ可視化(視覚化)の第二弾として、 鳥類目録 に続き、 哺乳類目録の可視化 を行って見ます。データの作成手順や可視化 の手法は、 鳥類目録 とほぼ同じですが、入手できる元となるデータが 鳥類目録 の場合は Excel の表形式で提供されていましたが、 哺乳類目録の場合 は探して見ましたが加工しやすい形式のものは見つかりませんでした。使えそうなものとして PDF 形式の環境 省自然環境局野生生物課が公開 している「日本野生鳥獣目録リスト」がありました。今回は、この PDF 形式の目録リストを利用 することにしました。 2.データ作成手順 まずは、哺乳類目録の可視化をするために「哺乳類目録リスト」をダウンロードします。 1. 下記のサイトより、哺乳類目録リスト(inventory-of-wildlife.pdf)をダウンロード     (出典 : 資料提供元 : 環境省自然環境局野生生物課)     データダウンロード先： http://www.biodic.go.jp/kiso/15/inventory-of-wildlife.pdf ※2.以降の手順は、筆者が行った参考手順ですので読み飛ばしてもOKです。 2.データは、平成 14 年 7 月作成のもので、やや古いのですが、この PDF 資料から必要な部分を     コピーしてテキスト化します。 3.ダウンロードした PDF ファイルを開き、P31～P37(PDF のページ番号)までを選択してコピー     します。 4.コピーしたデータをそのままメモ帳などのテキストエディタに貼り付けます。 5.英語名部分などは今回使用しないので、データを目視しながら可能な限り不要部分を     削除します。 6.とりあえず仮整形した状態までできたら、半角カタカナを全角カタカナへ置換します。     たいていのテキストエディタは半角→全角変換があると思いますので、その機能を利用して     変換します。 7.まだ、この状態でも文字化け等があって見にくいので、濁点などの文字化けを置換機能で正しく     変換して整形します。 8.重複データや他に文字化けがないかチェックして、Excel に取り込む形式にするため、     目名、科名、種名を

1.日本鳥類目録分類図 データの可視化(視覚化)をして見たいと思います。データの可視化はグラフや電子地図上にデータをマッピングしたりして分かりやすくすることです。 これを「データビジュアライゼーション」と言うそうです。特に今回は、題材として階層構造化(ツリー構造)されたデータを可視化ツールとして有名な Javascript ライブラリである D3.js を利用して見ました。まず、 見える化の第一弾としての題材は鳥類目録の作成 をします。 題材における可視化のヒントは、 ■公式ウェブサイト URL : https://d3js.org/ ■2013-12-27 d3.jsで鳥類目録 URL : http://d.hatena.ne.jp/tmizu23/20131227 ■DATA GO JPで公表されている苔の絶滅危惧種を R + d3.js で可視化してみた URL : http://kuteken.hatenablog.com/entry/2013/12/25/025118 のサイトで公開されているものが非常に興味深く、参考とさせて頂きました。同じことをやって見たいと思い、データの収集と階層構造 データの作成に取り組みましたので、 その作成手順等を紹介致します。 2.データ作成手順 まずは、鳥類目録の可視化をするために「鳥類目録 第 7 版」をダウンロードします。 1. 下記のサイトより、日本鳥類目録 第 7 版リスト(mokuroku7.xls)をダウンロード (資料提供元 : NPO 法人 バードリサーチ) データダウンロード先： http://www.bird-research.jp/1_shiryo/7ed/ 2.ダウンロードしたExcelファイルを開き、目名、科名、種名のみを残し、     他の列(A列、E列)は削除します。 3.目名、科名、種名を残した状態で列(A列、B列)を挿入で追加して、     A列：日本鳥類目録、B列:鳥類を追加します。 4.階層構造にして、目名と科名の同じものをそれぞれ先頭行のみとして削除します。 5.階層構造の表ができたら、A列の最終行にEOFの文字列を追加します。 6.ベースの表ができたので名前を付けて保存するので、任意のブック名で     一旦