日本哺乳類目録分類図の可視化

1.日本哺乳類目録分類図

データ可視化(視覚化)の第二弾として、鳥類目録に続き、哺乳類目録の可視化を行って見ます。データの作成手順や可視化 の手法は、鳥類目録とほぼ同じですが、入手できる元となるデータが鳥類目録の場合は Excel の表形式で提供されていましたが、 哺乳類目録の場合 は探して見ましたが加工しやすい形式のものは見つかりませんでした。使えそうなものとして PDF 形式の環境 省自然環境局野生生物課が公開 している「日本野生鳥獣目録リスト」がありました。今回は、この PDF 形式の目録リストを利用 することにしました。

2.データ作成手順

まずは、哺乳類目録の可視化をするために「哺乳類目録リスト」をダウンロードします。

1. 下記のサイトより、哺乳類目録リスト(inventory-of-wildlife.pdf)をダウンロード
    (出典 : 資料提供元 : 環境省自然環境局野生生物課)

    データダウンロード先：http://www.biodic.go.jp/kiso/15/inventory-of-wildlife.pdf

※2.以降の手順は、筆者が行った参考手順ですので読み飛ばしてもOKです。

2.データは、平成 14 年 7 月作成のもので、やや古いのですが、この PDF 資料から必要な部分を
    コピーしてテキスト化します。
3.ダウンロードした PDF ファイルを開き、P31～P37(PDF のページ番号)までを選択してコピー
    します。
4.コピーしたデータをそのままメモ帳などのテキストエディタに貼り付けます。
5.英語名部分などは今回使用しないので、データを目視しながら可能な限り不要部分を
    削除します。
6.とりあえず仮整形した状態までできたら、半角カタカナを全角カタカナへ置換します。
    たいていのテキストエディタは半角→全角変換があると思いますので、その機能を利用して
    変換します。
7.まだ、この状態でも文字化け等があって見にくいので、濁点などの文字化けを置換機能で正しく
    変換して整形します。
8.重複データや他に文字化けがないかチェックして、Excel に取り込む形式にするため、
    目名、科名、種名を TAB でインデントします。
9.TAB でインデントできたら、一旦、哺乳類.txt としてセーブします。
10.新規に Excel を開き、データ→テキストファイルで哺乳類.txt をインポートします。
    データ形式は、すべて文字列としておいて下さい。
11.インポートできたら、5 層の階層構造の表とするため、A 列の 1 行目に哺乳類目録の文字列を
    追記し、上から下までデータを確認して、A 列の最終行に EOF の文字列を追加します。
12.続けて名前を付けて保存するで、mammalian.csv で CSV 形式で保存します。

階層構造のデータ表とCSV出力したデータ(JSONファイルに変換する元データ)

13.階層構造 CSVtoJSON コンバータ.xlsmを開いて変換します。変換ボタンをクリックして、
    セーブしてある mammalian.csv を選択します。
14.変換が完了すると、日付時刻形式のテキストファイル(UTF8)で出力されます。
15.コンバータの都合上、5 層で出力していますが、今回は、4 層で描画させるので先頭部分と
    末尾部分を削除します。
16.これで、4 層の JSON ファイルとなります。

{
		"name":"哺乳類",
		"children":[{
			"name":"モグラ目",
			"children":[{
				"name":"ハリネズミ科",
				"children":[{
					"name":"ナミハリネズミ",
					"rank":""
			}]
		},{
				"name":"トガリネズミ科",
				"children":[{
					"name":"チビトガリネズミ",
					"rank":""
			},{
					"name":"トウキョウトガリネズミ",
					"rank":""
			},{
					"name":"ヒメトガリネズミ",
					"rank":""
			},{
					"name":"アズミトガリネズミ",
					"rank":""
			},{
					"name":"アズミトガリネズミ",
					"rank":""
			},{
					"name":"シロウマトガリネズミ",
					"rank":""
			},{
					"name":"トガリネズミ",
					"rank":""
			},{
					"name":"シコクトガリネズミ",
					"rank":""
			},{

	},{

               ～ 中略 ～
               
               
			"name":"ウサギ目",
			"children":[{
				"name":"ナキウサギ科",
				"children":[{
					"name":"ナキヴサギ",
					"rank":""
			},{
					"name":"エゾナキウサギ",
					"rank":""
			}]
		},{
				"name":"ウサギ科",
				"children":[{
					"name":"アマミノクロウサギ",
					"rank":""
			},{
					"name":"ユキウサギ",
					"rank":""
			},{
					"name":"エゾユキウサギ",
					"rank":""
			},{
					"name":"ノウサギ",
					"rank":""
			},{
					"name":"オキノウサギ",
					"rank":""
			},{
				"name":"アナウサギ",
				"rank":""
				}]
			}]
		}]
}

3. データの可視化

ソースコードは、日本鳥類目録分類図をベースとしてコヒペで作成しており画面の描画サイズ等を少し調整している程度なので 掲載は割愛させて頂きます。ダウンロード配布致しますので、配布物を確認して下さい。

radial layout : DEMO Collapsible Tree : DEMO

4.ダウンロード

この記事で紹介したサンプルの日本哺乳類目録分類図(ソースコード、JSONファイル、出力結果ハードコピー)を配布致します。下記からダウンロードして下さい。

ダウンロード

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