日本海産魚類目録分類図の可視化

1.日本海産魚類目録分類図

データの可視化(視覚化)の第三弾として、鳥類目録、哺乳類目録に続き魚類目録の可視化を行って見ます。 データの作成手順 や可視化の手法は、鳥類目録とほぼ同じですが、入手できる元となるデータが鳥類目録の場合は Excel の表形式で提供されてい ましたが、魚類目録の場合は探して見ましたが加工しやすい形式のものは見つかりませんでした。使えそうなものとして PDF 形式の 「日本海産魚類目録(予報)」というものがありました。

今回は、この PDF 形式の目録リストを利用することにしました。

2.データ作成手順

まずは、魚類目録の可視化をするために「日本海産魚類目録(予報)」をダウンロードします。

1. 下記のサイトより、日本海産魚類目録(予報)(5-94.pdf)をダウンロード
    (出典: 資料提供元(敬称略) :著者 : 河野光久 ・土井啓行 ・堀 成夫)

    データダウンロード先：http://jsnfri.fra.affrc.go.jp/pref/yamaguchi/kenpo/9/pdf/65-94.pdf

※2.以降の手順は、筆者が行った参考手順ですので読み飛ばしてもOKです。

2.ダウンロードした PDF ファイルを開き、P7～P30(PDF のページ番号)を参照します。
3.P7～P30(PDF のページ番号)までを選択してコピーします。
    (※PDF からテキストを抽出するがあれば、それを利用するのも良いでしょう)
4.コピーしたデータをそのままメモ帳などのテキストエディタに貼り付けます。
5.英語名部分などは今回使用しないので、データを目視しながら可能な限り不要部分を
    削除します。また、文字化けした部分も多々あるので注意深く削除します。
6.重複データや他に文字化けがないかチェックして、Excel に取り込む形式にするため、
    目名、科名、種名を TAB でインデントします。
7.TAB でインデントできたら、一旦、fish.txt としてセーブします。
8.新規に Excel を開き、データ→テキストファイルで fish.txt をインポートします。データ形式は、
    すべて文字列としておいて下さい。
9.インポートできたら、5 層の階層構造の表とするため、A 列の 1 行目に日本海産魚類目録の
    文字列を追記します。
    また、上から下までデータを確認して、A 列の最終行に EOF の文字列を追加します。
10.続けて名前を付けて保存するので、fish00.csv で CSV形式で保存します。

階層構造のデータ表とCSV出力したデータ(JSONファイルに変換する元データ)

11.階層構造 CSVtoJSON コンバータ.xlsmを開いて変換します。変換ボタンをクリックして、
    セーブしてある fish00.csv を選択します。
12.変換が完了すると、日付時刻形式のテキストファイル(UTF8)で出力されます。
13.コンバータの都合上、5 層で出力していますが、今回は、4 層で描画させるので先頭部分と
    末尾部分を削除します。
14.これで、4 層の JSON ファイルとなります。
    ただし、データ数が約 1,300 件と多いため、D3.js で描画する際に描画サイズが非常に大きく
    なるので、実用上2つに 分割してデータを作成してあります。

{
		"name":"魚類",
		"children":[{
			"name":"ヌタウナギ目",
			"children":[{
				"name":"ヌタウナギ科",
				"children":[{
					"name":"ヌタウナギ",
					"rank":""
			},{
					"name":"クロヌタウナギ",
					"rank":""
			},{
					"name":"ムラサキヌタウナギ",
					"rank":""
			}]
		}]
	},{
			"name":"ヤツメウナギ目",
			"children":[{
				"name":"ヤツメウナギ科 ",
				"children":[{
					"name":"カワヤツメ",
					"rank":""
			}]
		}]
	},{
			"name":"ギンザメ目",
			"children":[{
				"name":"ギンザメ科",
				"children":[{
					"name":"ギンザメ",
					"rank":""
			},{
					"name":"ギンザメダマシ",
					"rank":""
			},{
					"name":"アカギンザメ",
					"rank":""
			},{
					"name":"ココノホシギンザメ",
					"rank":""
			}]
		}]
	},{

    ～ 中略 ～
    
			},{
					"name":"ジャノメヌノサラシ",
					"rank":""
			}]
		},{
				"name":"シキシマハナダイ科",
				"children":[{
				"name":"シキシマハナダイ",
				"rank":""
				}]
			}]
		}]
}

3. データの可視化

ソースコードは、日本鳥類目録分類図をベースとしてコヒペで作成しており画面の描画サイズ等を少し調整している程度なので 掲載は割愛させて頂きます。ダウンロード配布致しますので、配布物を確認して下さい。

radial layout01 : DEMO Collapsible Tree01 : DEMO

radial layout02 : DEMO Collapsible Tree02 : DEMO

4.ダウンロード

この記事で紹介したサンプルの日本海産魚類目録(ソースコード、JSONファイル、出力結果ハードコピー)を配布致します。下記からダウンロードして下さい。

ダウンロード

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